Theo đó, Tòa đã tuyên phạt 5 bị cáo nguyên cán bộ, lãnh đạo Bệnh viện Tim Hà Nội gồm: Nguyễn Quang Tuấn (sinh năm 1967, nguyên Giám đốc, Chủ tịch Hội đồng mua sắm Bệnh viện) 3 năm tù, Nguyễn Thị Dung Hạnh (sinh năm 1969, nguyên Kế toán trưởng, Trưởng Phòng Tài chính kế toán) 2 năm tù; Hoàng Thị Ngọc Hưởng (sinh năm 1961, nguyên Phó Giám đốc), Đoàn Trọng Bình (sinh năm 1960) và Nghiêm Tuấn Linh (sinh năm 1980, đều nguyên là Phó trưởng Phòng Vật tư y tế) cùng bị phạt 2 năm 6 tháng tù. 

Ba bị cáo thuộc Công ty Cổ phần thiết bị y tế Hoàng Nga (viết tắt là Công ty Hoàng Nga) gồm: Nguyễn Đức Đảng (sinh năm 1976, Chủ tịch Hội đồng quản trị) 3 năm 6 tháng tù, Phạm Huy Lập (sinh năm 1952, Giám đốc) 2 năm 6 tháng tù nhưng cho hưởng án treo, Phạm Thị Kim Oanh (sinh năm 1981, Kế toán Trưởng) 2 năm tù.

Bị cáo Phan Tuấn Đạt (sinh năm 1967) nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Phó Giám đốc Công ty Cổ phần công nghệ sinh học Kim Hòa Phát (viết tắt là Công ty Kim Hòa Phát) 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo.

Ba bị cáo thuộc Công ty Cổ phần đầu tư và định giá AIC Việt Nam (viết tắt là Công ty định giá AIC) gồm: Trần Phú Hưng (sinh năm 1976, Phó Tổng Giám đốc) 2 năm 6 tháng tù, Nguyễn Hồng Dũng (sinh năm 1982, Phó Tổng Giám đốc, Thẩm định viên) 2 năm tù, Nguyễn Trung Dũng (sinh năm 1989, nhân viên thẩm định giá) 23 tháng 8 ngày tù (bằng thời gian bị tạm giam nên được trả tự do ngay sau phiên tòa).

Bản án sơ thẩm nhận định, từ năm 2015, bị cáo Nguyễn Quang Tuấn đã chỉ đạo cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát ký gửi trước vật tư y tế để Bệnh viện Tim Hà Nội sử dụng trước. Sau đó, hợp thức, hoàn thiện các thủ tục đấu thầu rộng rãi, chỉ định thầu rút gọn, để Nguyễn Quang Tuấn ký quyết định phê duyệt cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát trúng thầu gói thầu đấu thầu rộng rãi năm 2016, bốn gói chỉ định thầu năm 2017, nhằm thanh toán tiền hàng vật tư, hóa chất đã nhận ký gửi, sử dụng trước đó, theo đơn giá thỏa thuận giữa Nguyễn Quang Tuấn với Nguyễn Đức Đảng, Phan Tuấn Đạt.

Để hợp thức hồ sơ thầu mua vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch của hai công ty này, các bị cáo thuộc Bệnh viện Tim Hà Nội đã lợi dụng chức vụ quyền hạn can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu. Những người này đã thông đồng với bị cáo tại Công ty Hoàng Nga và Công ty Kim Hòa Phát để thực hiện nhiều sai phạm từ khâu lập hồ sơ thầu, đơn giá, chủng loại, số lượng Stent và các vật tư khác mà Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát sẽ bán cho Bệnh viện Tim Hà Nội.

Sau đó, các bị cáo tại Bệnh viện Tim Hà Nội thông đồng với các bị cáo tại Công ty định giá AIC ban hành Chứng thư thẩm định giá theo yêu cầu và giá ấn định của Bệnh viện Tim Hà Nội đã được Nguyễn Quang Tuấn phê duyệt, đảm bảo cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát trúng thầu, bán vật tư y tế trái quy định Luật đấu thầu, gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ Bảo hiểm xã hội hơn 53,6 tỷ đồng trong cả 5 gói thầu nói trên.

Bản án sơ thẩm nêu rõ, hành vi phạm tội của các bị cáo đã xâm phạm đến hoạt động đấu thầu, gây ảnh hưởng đến uy tín của ngành Y tế và hoạt động của Bệnh viện Tim Hà Nội. Hành vi phạm tội của các bị cáo làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của các cơ quan nhà nước, gây dư luận xấu, làm giảm lòng tin của nhân dân vào Đảng và Nhà nước nên cần áp dụng hình phạt tù nghiêm khắc.

Hội đồng xét xử nhận định, bị cáo Nguyễn Quang Tuấn là chuyên gia đầu ngành trong điều trị tim mạch, bị cáo được tặng thưởng nhiều Huân, Huy chương, Bằng khen cao quý; bản thân là giáo sư, từng là Công dân thủ đô ưu tú, nguyên là Đại biểu quốc hội, đã cứu sống cho nhiều người và được nhân dân khen ngợi. Đây là đóng góp của bị cáo. Hành vi phạm tội của bị cáo xảy ra trong thời điểm ngành Y tế đang gặp khó khăn, tuy nhiên bị cáo đã thành khẩn khai báo, nhận hết trách nhiệm về mình, bản thân bị cáo đã nộp số tiền vụ lợi là 10.000 USD. Trong vụ án này, bị cáo không có trách nhiệm phải bồi thường, nhưng bị cáo Tuấn và gia đình đã tự nguyện nộp 6 tỷ đồng.

Đánh giá hành vi của bị cáo Nguyễn Quang Tuấn không liên quan chuyên môn ngành Y nên Hội đồng xét xử cho rằng cần xem xét giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo thấp hơn mức đề nghị của đại diện Viện Kiểm sát cho bị cáo để bị cáo sớm được trở về với cộng đồng để có thể đóng góp nhiều hơn nữa cho xã hội.